Amikor száz évvel ezelőtt, 1899-ben összeült a Múzeum-Egyesület alakuló közgyűlése, Békéscsabán a múzeumi eszmének már több évtizedes múltja volt. Először is a tudós evangélikus lelkészt, Haan Lajos történetírót kell megemlítenünk, akit szenvedélyesen érdekelt szűkebb hazája múltja és számottevő, túlnyomórészt érméket és régészeti anyagot tartalmazó gyűjteménye volt. Már az 1860-as években foglalkozott egy helyi múzeum létrehozásának gondolatával, tervét azonban egyelőre alárendelte a megye múzeumalapítási törekvéseinek. 1874-ben adományával a már fennálló gyulai múzeum megyeivé fejlesztéséhez járult hozzá, s a Békésvármegyei Régészeti és Művelődéstörténelmi Társulat alelnökeként munkájával ezt a kulturális intézményt szolgálta.
Reök István, Munkácsy Mihály nagybátyja, a korábbi szemlélettől eltérően a régészet és a numizmatika egyeduralmával szemben a helyi kultúrát képviselő néprajzi és történeti tárgyakat is gyűjtésre érdemesnek tartotta. A békéscsabaiak közül hasonlóan gondolkodott Zsilinszky Mihály, későbbi minisztériumi államtitkár is, Bartóky Lászlóné pedig az 1880-as években adományaival járult hozzá a Múzeum-Egyesület gyűjteményének létrehozásához.
A csabai múzeum alapításához a gazdasági-társadalmi feltételek a 19. század végére értek meg. A kezdeményezés érdeme Varságh Béla gyógyszertár-tulajdonosé volt. Az általa 1899. július 1-jére összehívott értekezleten határozták el a Múzeum-Egyesület felállítását. Tervükhöz tekintélyes pártfogóra leltek a már említett Zsilinszky Mihály vallás- és közoktatásügyi minisztériumi államtitkárban. Nevéhez fűződik az egyesület alapszabály-tervezetének kidolgozása, amit az 1899. november 25-én tartott alakuló közgyűlés néhány módosítással fogadott el. A dokumentum fontosabb célkitűzései ma is időszerűek: „…felkutatni és összegyűjteni a város, esetleg a vármegye egész területén található régészeti, történelmi, természeti és néprajzi emlékeket; továbbá megőrizni a népéletre vonatkozó jellegzetes tárgyakat, művelődési eszközöket, könyveket és kéziratokat, művészeti és ipari tárgyakat, valamint a város jótevőinek az emlékét, képeit és családi ereklyéit; végre az általános ismereteket terjeszteni, népkönyvtárakat szervezni, és hozzáférhetővé tenni.”
A Múzeum-Egyesület létezésének tizenöt éve alatt lerakta a gyűjtemények alapjait, megfelelő szakembereket nevelt, s tevékenységének betetőzéseként felépítette a múzeumnak helyet adó Közművelődés Házát. A múzeum–könyvtár–műterem–közművelődés négyes funkcióját ellátó intézmény számára készült épületet 1914-ben avatták fel. Ma is ez az épület ad otthont a múzeumnak, amely 1951-ben vette fel Munkácsy Mihály (1844–1900) nevét.
A múzeumot megalakulásától kezdve a Múzeumi-Egyesület működtette, 1914-től városi múzeumként működött, 1950-től állami kezelésbe került, 1962-től a Békés megyei múzeumi szervezet központja, 2013-tól Békéscsaba Megyei Jogú Város Önkormányzatának megyei feladatokat ellátó intézménye. Az 1970-es évektől a magyarországi szlovák és román nemzetiség országos bázismúzeuma lett.
Az első igazgató Balás Ádám (1872-1932) gimnáziumi tanár volt, aki rövid ideig, 1902-ig töltötte be ezt a posztot. Utána 1908-ig Krammer Nándor (1855-1921) polgári iskolai tanár következett, akinek legnagyobb érdeme a múzeum gyűjteményi „lajstromának” elkészítése, és megjelentetése. Az egyesület utolsó vezetőjévé Rell Lajos (1874-1952) gimnáziumi tanárt választották, aki a városi kezelésbe adott múzeumnak is első igazgatója lett. Nevéhez fűződik a múzeum felépítésével kapcsolatos teendők szervezése, irányítása, az első kiállítások rendezése. 1932-ben Korniss Géza (1888-1960), Békéscsaba kultúrtanácsnoka vette át az igazgatói tisztséget. Ebben az időszakban kerültek a múzeumba az első Munkácsy relikviák. Az államosított múzeum igazgatója 1951-től, rövid ideig Lükő Gábor (1909–2001) volt, majd Tábori György (1913–1997), szakképzett néprajzos került az intézmény élére. Ebben az időszakban a szakmai gyűjtőmunka a múzeum gyűjtőterületéhez igazodott. (Természettudomány: a Körösök vidékének természeti képe; régészet: főként az alföldi neolitikus kutatás; néprajz: a szlovákság anyaga, gazdálkodás, bútorzat, kismesterségek; műemlékvédelmi központ; Békéscsaba története; képzőművészet: magyar képtár, különös tekintettel a helyi képzőművészekre, Munkácsy-ereklyék gyűjtése és emlékkiállítás.)
Az utolsó nagyobb korszakhatár a múzeum történetében 1962, amikor a megye múzeumainak fenntartója a Megyei Tanács (1990-től a Békés Megyei Önkormányzat), a kialakított megyei szervezet központja pedig Békéscsaba lett. A megyei múzeumi szervezet munkáját 1969-től Dér László vezette, aki elsősorban múzeumszervezői munkásságával hozott létre maradandó értéket. 1982-től dr. Szabó Ferenc történész-levéltáros, 1996-tól dr. Grin Igor néprajzos, majd dr. Szatmári Imre régész irányította az intézmény munkáját. 2013-tól Ando György néprajzkutató a megyei hatókörű városi múzeum igazgatója.
A rendszerváltást követően kiszélesedtek a múzeum nemzetközi kapcsolatai, s előbb az Arad Megyei Múzeummal, majd a Szlovák Nemzeti Múzeummal, a nagyváradi Körös-vidéki és a tőketerebesi Honismereti Múzeummal kötött együttműködési szerződést, melynek köszönhetően több kiállítás cseréjére, közös kutatómunkára került sor.
A múzeumi munka megismertetését és a gyűjtőmunkát segítették az évenkénti néprajzi, régészeti és természettudományi gyűjtőtáborok. Rendszeresek lettek az iskolásoknak tartott múzeumi órák, csoportos tárlatvezetések, raktár- és műhelylátogatások. A múzeum és a közönségkapcsolat szorosabbá válását szolgálta elsősorban a felnőttek részére az 1974-ben alakult Békés Megyei Múzeumbarátok Köre, amely a múzeumi munka társadalmi hátterét teremtette meg.
A múzeum gyűjteménye a természettudományi, régészeti, néprajzi, történeti, képzőművészeti, gyűjteményi anyagokból tevődik össze. A természettudományi gyűjtemény madártojás, rovartani, botanikai malakológiai (molluszka) gyűjteményi egységekből és madárpreparátumokból áll. Régészeti, honfoglalás kori, szkíta, kelta, szarmata, avar kori, bronzkori leletek az 1920-as évektől folyamatosan kerültek a múzeumba. A néprajzi anyag (bútorok, textília, kerámia, viselet, gazdasági eszközök, használati tárgyak, keretezett fényképek, hagyományok tárgyi anyaga) meghatározó része a szlovákok hagyományos kultúráját reprezentálja, de a Békés megyében élő magyar, szerb és román közösségek tárgyi kultúrájának emlékei is megtalálhatóak a gyűjteményben. Az 1980-ban létrejött történeti osztály főként Békéscsabáról és környékéről származó egyedi dokumentumokat, térképeket, archív fotókat, történeti és irodalomtörténeti kéziratokat és tárgyi emlékeket őriz. Az intézmény kiemelkedő műtárgy-együttese a festményekből és relikviákból álló Munkácsy-gyűjtemény, melynek alapját a festő özvegyének végrendelete szerint az 1930-as évek elején a gyűjteménybe került műtárgyak képezik. Az Országos Tervező Grafikai Biennálék műveire épül a múzeum alkalmazott grafikai gyűjteménye. A képzőművészeti szakág anyaga napjainkban főként kortárs képzőművészeti alkotásokkal bővül. A Munkácsy Mihály Múzeum könyvtára több mint 40 000 szakkönyvet és folyóiratot számlál. Jelentős archív- és dokumentumfotó-gyűjteménnyel valamint szakági adattári anyaggal rendelkezik.
A Munkácsy Mihály Múzeum jelenlegi arculatát – az európai uniós források felhasználásával végrehajtott teljes rekonstrukciót követően elkészült új állandó kiállításokkal – 2008-ban nyerte el.
Irodalom – Rell Lajos: A békéscsabai múzeum, Békéscsaba, 1914.; G. Vass István: A békéscsabai múzeum története 1899–1979., Békéscsaba, 1979.; Kocsor János: A Munkácsy Mihály Múzeum rövid története – Brief History of the Munkácsy Mihály Múzeum, In: Száz év műtárgyai a Munkácsy Mihály Múzeumban 1899–1999., szerk: Grin Igor – Szatmári Imre, Békéscsaba, 1999.; Szatmári Imre: A Munkácsy Mihály Múzeum története 1899–2009, In: A Békésvármegyei Régészeti és Művelődéstörténelmi Társulat Évkönyve, szerk: Ando György, Békéscsaba – Gyula, 2010.